Иерей Михаил Гапоненко родился в 1973 г. в Новочеркасске.

В 1995 году окончил Новочеркасский государственный технический университет (ныне ЮрГПУ им. М. И. Платова) по специальности «Автоматизированные системы обработки информации и управления».

С 1995 по 2007 г. работал в сфере информационных технологий.

В феврале 2007 года Архиепископом Ростовским и Новочеркасским Пантелеимоном был рукоположен в сан диакона, а декабре этого же года — в сан иерея.

С февраля 2007 года по октябрь 2012 года являлся штатным клириком храма св. Александра Невского г. Новочеркасска.

В 2009 году окончил Православный Свято-Тихоновский гуманитарный университет (ПСТГУ), г. Москва, со степенью бакалавра теологии.

В 2009 году назначен руководителем Миссионерского отдела Ростовской-на-Дону епархии.

В октябре 2012 года Митрополитом Ростовским и Новочеркасским Меркурием назначен настоятелем храма св. мц. Татианы при Донском Государственном техническом университете г. Ростова-на-Дону.

В период с 2013 по 2018 годы являлся руководителем Отдела по делам молодежи и миссионерскому служению Ростовской-на-Дону епархии.

В ноябре 2018 года назначен настоятелем храма Смоленской иконы Божией Матери «Одигитрия» г. Аксая.

В 2019 году защитил магистерскую диссертацию в Донском государственном техническом университете, присвоена степень магистра теологии. Является преподавателем Донской духовной семинарии (предмет: Миссиология).